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La traçabilité ne garantit pas la salubrité
 

La sélection des fournisseurs : le choix des fournisseurs peut être réduit si ces derniers ne peuvent garantir la traçabilité de leurs produits ou s’ils n’ont pas de code d’identification de produits
 

Diminution de la productivité : S’il n’y a pas de réorganisation du travail, la productivité subit d’autant plus de contraintes que la traçabilité est fine, comme par exemple la diminution du nombre d’unités par lot qui provoque la réduction de cadence de ligne de fabrication ou encore par des opérations unitaires de conditionnement supplémentaires
 

Problèmes des processus complexes Pour les fabrications complexes de type assemblage où des mélanges se font à un ou plusieurs stades de fabrication, la mise en place de système de traçabilité est plus complexe et devient plus ardue
 

Coût du système de traçabilité